大嶝水道东口介于内盘礁和分流礁之间、小嶝岛与大屿岛北侧，经七星礁至澳头，航道弯曲、复杂，小型船须候潮航行，助航设备完善。

水道中段有海堤残基存留的碎石，近大嶝岛一端有一堤口，上宽约20米，底宽约6米，水深0.9米。从内盘礁至青礁之间，最小水深不及1米，接近堤口一段只有一宽30～50米的水沟，水深干出0.8米。靠近该段水道两侧的泥滩干出约3米左右，从堤口至大嶝西端附近泥滩大部干出3～5米，水沟呈S形，航行较困难。9号灯桩之间转向角大于90°，航行船的吃水和长度均受限制。弯沟南口至澳头，七星礁以南附近干出3.2米，其余干出较小，但滩多牡蛎床，澳头附近多礁石，水道介于礁石之间，最窄处宽约240米。弯沟东南方泥滩干出4.2米，大潮高潮时可航行吃水2米以下的船只。这里高潮比石井约迟13分钟，潮差约为厦门港的1.06倍，平均海深3.79米。