慈溪地域春秋时属越，并吴后置句章城，慈溪为句章地。前221秦灭楚后置句章县，属会稽郡，县治在城山渡（今浙江余姚市河姆渡东5里）。句章县至唐武德四年废，凡842年，慈溪地域归其属。

唐开元二十六年（公元738年）始置慈溪县，县治在今之宁波江北区慈城镇。属明州。县名据《延四明志》载：“汉句章董黯，母尝婴疾，喜大隐溪水，不以时得。于是筑室溪旁，以便日汲。溪在今县南一舍。故以慈名溪，又以溪名县”。

天宝元年（742），改明州为余姚郡。乾元元年（758），复为明州，慈溪县先后属之。

五代梁开平三年（909）设明州望海军，慈溪属明州望海军，隶吴越国。

北宋太平兴国三年（978），吴越归宋。慈溪县隶属明州奉国军。南宋绍熙五年（1194），宁宗即位。明年，改元庆元，以明州为宁宗潜邸，遂以年号为名，升明州为庆元府，慈溪县属之。

元世祖至元十四年改庆元路总管府。慈溪县属之。

元至正二十七年（1367），朱元璋改庆元路为明州府。洪武十四年，避“明”国号讳，改明州府为宁波府。 慈溪县属之。

清初、慈溪县仍属宁波府，隶浙江省宁绍台道。咸丰十一年（1861）十一月，太平军李世贤部攻占宁波，曾一度改宁波府为宁波署。

民国元年（1912），废宁波府，慈溪直属浙江省军政府。3年，于清宁绍台道范围置会稽道，，慈溪县隶属会稽道。16年，废道制，慈溪直属浙江省。21年，浙江省设行政督察区，慈溪县属第五行政督察区。24年后，又历属第六行政督察区（24～35年，）、第三行政督察区（36～37年，）、第二行政督察区（37年4月以后，）。

1949年5月24日，慈溪县治孝中镇（今宁波慈城镇）解放。6月5日，浙江省第二区专员公署在宁波成立。10月改称宁波专员公署，慈溪属宁波专员公署。

1954年10月，为建立商品棉基地，调整县域，将慈溪的丈亭、陆埠、城关、云山4个区和慈城镇划归余姚县，庄桥区分别划归宁波市和镇海县，余姚县周朝区、逍林区、浒山区、周巷区、泗门区、临山区等5个区的部分和镇海县龙山区的北部划归慈溪县。县治从慈城镇迁至浒山镇。

1970年改专区为地区，慈溪县属宁波地区。1983年，宁波地区撤销，并入宁波市，实行市管县体制，慈溪县属宁波市。

1979年9月，为完善水利条件，县境再度调整，以泗门区划归余姚县，余姚县以龙南区（今横河区）划入慈溪县，形成现有境域。

1988年10月13日，经国务院批准，撤销慈溪县建制，改设慈溪市（县级），仍属宁波市，区、乡（镇）行政区划不变。