《超级机器人大战 特勤指挥官》是于2003年11月在PS2上发售的以真实比例机体参战的《超级机器人大战》，续作比起前作在不少地方都有明显进化，例如前作每场战斗能够参战的机体只有5台，续作增加为8台，而本作更是允许机体在战斗或者移动时都可以自由的进行变形。

目前官方公布的参战机体有：

《超兽机神断空我》

《圣战士登拜因》

《机动战士Z高达》

《机动战士高达 逆袭的夏亚》

《新机动战纪W Endless Walts 》

《机动战士高达 SEED DESTINY》new

《魔神Z》

《大魔神》

《盖塔G 》

《超电磁机器人 恐巴特拉V》

《勇者莱丁》

《超时空要塞剧场版·可曾记起爱》

《超时空要塞 零》new

《神魂合体 ゴーダンナー!!》new

《翼神传说》

《超级机器人大战 特勤指挥官 The 2nd》仍然将登陆PS2平台，所以机战爱好者们还是暂时留着PS2吧，目前开发度已经为100％！？本作预定于2007年11月1日发售（既然都完成了，怎么还要11月发售－3－？）。