北京大学和北京医科大学于2000年合并，北京医科大学更名为北京大学医学部。合并后建立了一个独立的部门，即医学部。其招生有自己独立的编码。并分为一类和二类专业。（即一本、二本）

从00年起，北医开设了长学制（八年制本博连读〈注意没有硕士阶段〉）课程包括临床医学，基础医学，口腔医学。自02年起，长学制的学生本科阶段的头两年在北大学习基础课程，称为医学预科阶段，故单独组成一个院系称为基础医学院。之后一年半在北医学习专业课，剩余四年半在医院实习。

07级预科阶段改为一年，学生在北大学习一年后即返回医学部。自08年起，所有医学部本科学生都将在北大度过一年的预科生活，而不再仅仅只有基础医学院的同学。