爱沙尼亚足球协会是爱沙尼亚的足球主管团体，总部设于塔林，负责组织各级联赛（最高级别是爱沙尼亚足球甲级联赛）、爱沙尼亚杯（Estonian Cup）及爱沙尼亚国家队。

爱沙尼亚足球协会早于1923年已加入欧足联，但其后因被苏联并吞而解散。1992年脱离俄罗斯独立后再重新加入。