阿拉山口综合保税区也是中国第16个综合保税区，总体规划面积5.6平方公里，预计监管和基础设施投资8亿元。阿拉山口综合保税区将分两期建设，一期工程共2.96平方公里，计划投资3.2亿元。阿拉山口综合保税区是新疆首个综合保税区，预计年内实现封关运营。阿拉山口口岸1991年通关。2010年过货量达到2524万吨，进出口贸易额和海关税收双超百亿，分别达到118.7亿美元、103.7亿元人民币，位居中国陆路口岸首位。阿拉山口综合保税区从2010年10月向中国国务院正式呈报，2011年5月30日正式批准设立。

综合保税区是经国务院批准设立在内陆地区具有保税港区功能的海关特殊监管区域，享受保税港区的税收和外汇政策，是中国开展对外贸易、促进现代物流发展的外向型特殊经济功能区，是目前中国对外开放层次最高、政策最优惠、经济功能最齐全、区位优势最明显的特殊经济区。阿拉山口综合保税区的设立，丰富了新疆打造西部区域经济增长极的战略内涵和形式，为深入实施国家沿边开放战略，巩固国家能源资源陆路安全大通道的重要地位，提升新疆外向型经济发展水平作出新的更大的贡献。