北部湾二长棘鲷长毛对虾国家级水产种质资源保护区总面积1，142，158.03公顷，其中核心区面积808，771.36公顷，实验区面积333，386.67公顷。核心区特别保护期为1月15日至3月1日。保护区位于北部湾东北部沿岸区域，由北纬21°31′线、五个拐点连线及广西自治区防城港市、北海市海岸线组成，拐点坐标分别为（108°04′E，21°31′N；108°30′E，21°00′N；109°00′E，20°30′N；109°30′E，20°30′N；109°30′E，21°29′N）。核心区由五个拐点连线组成，拐点坐标分别为（108°15′E，21°15′ N；108°30′E，21°00 ′N；109°00′E，20°30′N；109°30′E，20°30 N′；109°30′E，21°15′N）。实验区由北纬21°31′线、四个拐点连线及广西壮族自治区防城港市、北海市海岸线组成，拐点坐标分别为（108°04′E，21°31 N′；108°15′E，21°15′N ；109°30′E，21°15′N；109°30′E，21°29′N）。主要保护对象为二长棘鲷和长毛对虾，其他保护物种包括金线鱼、蓝圆鲹、黄带鲱鲤、长尾大眼鲷、蛇鲻类、日本金线鱼、墨吉对虾、长足鹰爪虾、中华管鞭虾、锈斑蟳、逍遥馒头蟹、日本蟳、马氏珠母贝、方格星虫等。