中交上海港湾工程设计研究院有限公司（原名交通部三航局设计科研所），是中交集团总公司所属第三航务工程局的科技研发中心，是我国华东地区港湾工程建设的重要设计科研机构，创建于1960年。主要从事港口、航道、土建、公路、桥梁等工程项目的科学研究及综合设计，下设研发部、科技信息部、设计所、结构重点实验室等专业部门。

研究院具有交通（水运）甲级设计等资质，1999年通过了中国船级社的ISO9001质量保证体系认证，2002年通过上海方圆认证中心ISO2000质量保证体系认证，2008年通过劳氏质量认证有限公司ISO9001：2000 GB/T 19001-2000质量管理体系认证。2009年通过劳氏质量认证有限公司ISO14001：2004；GB/T 24001-2004 OHSAS 18001:2007环境和职业健康安全管理体系认证。

多年来，本院先后承担了4000余项设计和科研服务项目，其中各类工程可行性研究、规划勘测设计项目达450余项，多次承担部、市级重点工程项目的设计与科研。先后参与上海的南浦大桥、杨浦大桥、徐浦大桥、内环线高架道路、沪闵高架道路、浦东国际机场、东方明珠电视塔、浦东金茂大厦、外高桥30万吨级船坞、澳门国际机场、广深高速公路、宁波北仑港、南京龙潭港、宝钢新建码头、上海外高桥新建码头、上海地铁M8线、洋山深水港码头、东海大桥、杭州湾跨海大桥等重点工程建设。设计及科研成果获国家级、交通部及上海市重大科技成果奖近40项，其中设计项目镇海石化总厂算山码头扩建15万吨级泊位工程获国家优秀设计铜奖、舟山电厂卸煤码头工程获交通部优秀设计铜奖、上海石化总厂海运码头工程获交通部技术进步二等奖、科研项目三股钢绞线大管桩研制开发获交通部技术进步二等奖、东海大桥承台套箱裂缝成因分析及其控制方法研究获中国港湾工程总公司技术进步一等奖。

近年来，本院与日本、加拿大、瑞典、英国、美国、香港、新加坡等国家及地区的同行进行了广泛的技术合作与交流，并多次派技术骨干赴坦桑尼亚、马耳他、哥仑比亚、毛里塔尼亚、新加坡、马来西亚、澳门、香港等国家及地区提供技术性服务。