安徽省体育局为省政府直属机构。局机关下设7个内设机构：办公室、政策法规处、群众体育处、竞技体育处、青少年体育处、体育经济处、人事处，此外还设有离退休工作处、直属机关党委、监察室。安徽省体育总会设秘书处负责省体育总会日常工作。省体育局共有直属事业单位13个。其中直接从事竞技体育的直属事业单位有：安徽体育运动职业技术学院，重竞技运动管理中心、射击水上运动管理中心、武术拳击运动管理中心、球类运动管理中心、体操击剑运动管理中心、田径游泳运动管理中心，安徽体育科学技术研究所，省体育局训练基地管理中心。其他4个直属事业单位是：省社会体育指导中心、省体育中心、省体育彩票管理中心、省体育局机关服务中心。