1999年底，由厦门大学、萨本栋教育科研基金会和厦门市政府共同创议设立厦门大学萨本栋微机电研究中心，并且成立了筹委会。经过两年时间的筹建，大楼于2002年2月建成，中心正式于2002年9月开始运行，2003年经验收成为厦门市（福建省）MEMS工业工程中心，2006年获批为福建省高校重点实验室。2010年中心引进国内传感领域知名团队，致力于打造国内一流、国际领先的传感器的制造和应用研究基地。

中心的目标是建设世界一流的微纳米研究中心，使中心成为一个多学科交叉的开放性的公共研究平台，微纳米器件与系统创新科技人才的培养平台，以及科研成果转化和产业化的基地。

中心的研究方向，主要从事微纳米加工技术、微纳米材料以及微纳米器件与系统的研究与应用，并为国内外产业及研究机构服务。

经过前期的建设，中心3800平方米的中心大楼 “亦玄馆”内拥有100级、1000级、10000级共计660平方米的工艺洁净室、各种高纯气体供气系统、18MΩ纯水系统、三废处理系统、防震工作台等。中心现有80多台各种微机电工艺设备，如AMS 200深硅等离子体刻蚀系统、ICP-2B刻蚀机、AWB04键合机、MA6/BA6 Karlsuss双面光刻机和键合机、POLI-400化学机械抛光机、WL2040铝丝压焊机、OPTI CAOT 22i喷涂胶机系统、ZSH406全自动划片机、DQ-500等离子去胶机、全自动清洗甩干机、AXTRON MOCVD金属有机物化学气相沉积系统、4470微控四管扩散炉、4371LPCVD低压化学沉积系统、OMICRON分子束外延系统、JS-3X100B磁控溅射台、PECVD-2E等离子淀积台、ZZSX500C电子束蒸发台、JC500-3/D磁控溅射镀膜机、石英管清洗机，以及多种常用测试仪器, 如OLS1100激光共聚焦显微镜、DEKTAK-III台阶测量仪、D41-11A/ZN四探针电阻测试仪、Nikon L150金相显微镜等。

中心成立以来已经承担多项国家级、省部级科研课题以及企业合作重大课题。目前正在进行与生物医学工程、航空航天、通讯工程、汽车工业、新能源等行业相关的微纳米器件及系统的研究和开发，并不断拓展合作研究与开发的新领域。