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作　者： （荷）布杰德（Boogerd，F.C.） 等 著 孙之荣 等 译丛 书 名：科爱传播生命科学出 版 社： 科学出版社ISBN：9787030222121出版时间：2008-08-01版　次：1页　数：250装　帧：平装开　本：16开所属分类：图书 > 科学与自然 > 生物科学

内容简介

《系统生物学哲学基础》以一个全新的视角来讲述系统生物学，即通过讨论构成系统生物学的哲学基础来理解系统生物学的内涵和本质。对系统生物学的科学哲学进行深入的开放式讨论，详细阐明那些涉及系统生物学基础的各种哲学问题，以及是什么使得它与分子生物学如此之不同。作者在书中开展了许多富有启发和成果性的讨论，引导读者思考系统生物学哲学的核心概念。这些对于系统生物学的学习和研究都是非常有益的。

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译中序

作者简介

前言

第一篇　引论

1　面向系统生物学的哲学基础：引言

1.1　系统生物学：一门旨在探寻方法学与哲学基础的新科学

1.2　系统生物学

1.3　面向系统生物学的哲学

1.4　对几个系统生物学哲学问题的介绍

1.5　本书的目标和概况

参考文献

第二篇　系统生物学的研究程序

2　系统生物学的方法论

2.1　自然科学各学科的方法论与哲学基础

2.2　生物化学和分子生物学科学地位的局限

2.3　突破限制

2.4　系统生物学之方法学

致谢

参考文献

3　哲学的思想：方法论

3.1　引言

3.2　通过代谢和系统生理学理解复杂的疾病——糖尿病

3.3　MRS和MCA构建了成功的系统生物学方法论

3.4　结论

参考文献

4　我们怎样理解新陈代谢

4.1　引言

4.2　传统的新陈代谢原理

4.3　新陈代谢系统分析的兴起

4.4　我们能像期望的那样去理解新陈代谢吗？

4.5　一个细胞的新陈代谢通过模拟就能理解吗？

参考文献

5　基于不可靠的数据构建可靠的模型：用进化和发育的观点解读新系统生物学(NSB)

5.1　引言

5.2　新系统生物学和进化发育生物学(evoo-devo)

5.3　在分析大型系统时数据的可靠性问题

5.4　数据错误和“摩尔系统”(molar system)属性

5.5　鲁棒性和不确定因素的控制

5.6　内生固守性

参考文献

第三篇　理论与模型

6　系统生物学的机制和机械论解释

6.1　引言：机械论解释和还原论

6.2　组织的层次与分辨率尺度

6.3　乳糖操纵子作为机制模型的发展

6.4　机制与突现

6.5　结论：机械论解释与系统生物学

参考文献

7　系统生物学的理论，模型和方程

7.1　引言：生物学的理论结构

7.2　动作电位的Hodgkin-Huxley巨型乌贼模型，作为经典的系统生物学的例子

7.3　Hodgkin-Huxeley模型的意义和他们的方法论

7.4　从神经科学的角度考虑线虫的行为

7.5　Ferree和Lockery模型在线虫趋化性中的应用

7.6　两个范例为系统生物学提供的八则启示

参考文献

8　所有的模型都有缺陷

8.1　引言

8.2　建模和建模过程

8.3　解析建模

8.4　综合建模

8.5　综合建模VS.解析建模

8.6　动力学通路建模

8.7　所有的模型都有缺陷

致谢

参考文献

9　没有模型的数据与没有数据的模型的融合

9.1　引言

9.2　本领域的基本情况

9.3　系统生物学的第一个根源：代谢和信号转导途径的模型

9.4　系统生物学的第二个根源：生物控制论和数学系统分析

9.5　系统生物学的第三个根源：“组学”

9.6　系统生物学的分支：不同根源的融合者

9.7　本领域的结构

9.8　关于自上而下的系统生物学的认识论和存在论问题

9.9　结论

参考文献

第四篇　生物系统中的组织

10　一个自我合成的生物化学工厂：细胞体的系统生物学角度概述

10.1　如何成为一个系统生物学家

10.2　自我生成的细胞：细胞生物学中的关联

10.3　物质系统的自主性：对特殊催化的需要

10.4　生命的装配和逻辑

10.5　如何建立一个自我合成的工厂

10.6　生命系统的自我装配

10.7　贡献

致谢

参考文献

11　生物体起源的系统生物学方法

11.1　引言

11.2　组织观点

11.3　起点：非平凡的自我维持

11.4　NTSM组织和自主性

11.5　历史一集合维度的出现

11.6　达尔文进化的开放结构

11.7　总结

致谢

参考文献

12　生物学机制：用于维持自治的组织

12.1　引言

12.2　机制的基本概念

12.3　活力论者的挑战

12.4　第一阶段：Bernard，Cannon和控制论的关系

12.5　循环组织和Ganti的化学子(chemoton)

12.6　从Ganti的化学子到自治系统

12.7　结束语：超越基本自治

参考文献

13　功能从“自组织系统”的消失

参考文献

第五篇　结语

14　对系统生物学基础的深入思考

14.1　系统生物学是功能和机制生物学，而不是进化生物学

14.2　系统生物学的解释往往是机械论的解释

14.3　其他解释的类型对系统生物学来说也很重要

14.4　利用模型的分子机制描述

14.5　模型和生命系统的非平衡组织方式

14.6　涌现属性

14.7　系统生物学中的理论和定理

14.8　解释多元论：不同层次的理论

14.9　生命是什么？

14.10　结束语

参考文献

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前言

系统生物学是近几年产生和发展的一门新兴学科。系统生物学最简单通俗的定义就是在系统层次上理解生物的现象、功能和机制。它的目标是理解生物体的功能属性与行为是如何通过其各组成部分的相互作用实现的。系统生物学是一门充满活力并不断发展的学科，它将生物学与其他众多不同门类的学科相结合，并在应用这些学科的同时拓展和延伸它们，由此，系统生物学已经得出许多新的科学认识。可以说在一定的程度上系统生物学将会超越这些自然科学，因此，关于其哲学基础本质的问题产生了。系统生物学的前提假设是，生物系统中存在着有待挖掘和发现的东西，也就是说，生命系统具有的一些功能属性，单单通过传统分子生物学是不能发现或理解的，因为这些功能属性并不存在于单个分子之中，而是蕴藏于整个系统之中。

《系统生物学：哲学基础（Systems Biology：Philosophical Foundations）》是现已出版的第一本有关系统生物学哲学基础的著作，这本书以一个全新的视角来讲述系统生物学，即通过讨论构成系统生物学的哲学基础来理解系统生物学的内涵和本质。对系统生物学的科学哲学进行深入的开放式讨论，详细阐明那些涉及系统生物学基础的各种哲学问题，以及是什么使得它与分子生物学如此之不同。作者在书中开展了许多富有启发和成果性的讨论，引导读者思考系统生物学哲学的核心概念。这些对于系统生物学的学习和研究都是非常有益的。

本书的翻译工作是清华大学生物科学与技术系生物信息学教育部重点实验室师生集体共同完成的。参加本书翻译校对工作的有苏煜博士、周云博士、陈虎博士、钟山、夏雪峰、刘珂、张松、李硕、李文婷、张婷、罗洁等。全书由孙之荣教授主译、审校。感谢科学出版社孙红梅和李小汀两位编辑为本书的出版所付出的努力。我们希望这本书的翻译出版，可以促进读者对这一新学科的学习和理解，并对系统生物学的科学研究及研究人才的培养提供良好的帮助和促进作用。

由于时间有限，对文中某些深奥的英文表达没有作仔细的推敲，书中难免会有一些不确切的中文表达，恳请广大读者指正，以期再版时加以更正。