漳、卫河于徐万仓汇流后至四女寺一段河道成为卫运河。河道长157公里，两岸堤防总长320.5公里，是冀、鲁两省边界河道。左岸途径河北省馆陶县、临西县、清河县、故城县；右岸途径山东省冠县、临清市、夏津县、武城县。到四女寺枢纽分流入漳卫新河和南运河。

卫运河是典型的复式断面蜿蜒型半地上河，形成历史悠久。秦汉时期称为清河，为黄河故道，因水清而得名；隋唐两代是永济渠的一部分，宋代称御河，元代临清到四女寺成为著名京杭大运河的一段，民国后始称卫运河。

建国后，曾三次进行扩大治理。1956年河道行洪能力从建国初期的300～400秒立米，提高到800秒立米；1958年又提高到1250秒立米，1963年大水后，按照防御五十年一遇洪水的标准，于1972至1973年再次进行了扩大治理，设计行洪流量达到了4000秒立米；扩建改建了四女寺枢纽工程，新建了祝官屯枢纽，两座枢纽除具备防洪调度功能外，兼有蓄水灌溉及航运等效益。