个人简介

研究方向

代表性论文（Selected Papers）：

研究成果

个人简介

韦朝春，副教授，博士生导师。1996年获北京大学数学学士，2006年获美国华盛顿大学（圣路易斯）计算机科学博士学位。随后到美国微软总部工作。2008年初至今任上海交通大学生命学院生物信息学与生物统计学系副教授，兼上海生物信息技术研究中心课题组长。目前研究方向包括基因结构预测，调控模块识别，元基因组学和微生物基因组学中的模型和算法，以及GPU在生物信息学中的应用研究等。

韦朝春博士在生物序列分析尤其是基因预测领域进行了较为深入的研究，已经在PLoS Biology，Genome Research，Bioinformatics，BMC Bioinformatics，PLoS ONE等国际著名学术期刊发表了一系列论文，总影响因子超过80，引用次数超过800次。其中在线虫（C.elegans）的基因结构预测方面的结果是世界上第一个在基因水平上准确率突破60%的多细胞生物基因预测系统。在人类基因预测方面,运用统计模型通过结合比较基因组学和转录组学的方法使得人类基因结构预测准确率在基因水平上敏感性(Sensitivity)从15%提高到了45%，特异性(Specificity)从10%到25%左右。 通过按照基因预测结果设计生物实验验证基因存在性的方法，找到并证实了734个人类基因的存在性。近年来开展了基于新一代测序数据的基因组学和元基因组学研究，特别是转录因子结合位点及目标基因寻找，调控因子模块寻找研究以及元基因组学研究。创建了一个基于新一代测序的元基因组数据采集和分析系统；估计出人体内肠道菌群包含超过9百万个独特的基因，是人体自身基因数量的400倍以上。将GPU引入元基因组分析系统，创建了元基因组序列快速分类系统，和目前最好的系统相比在准确率相似的前提下，速度提高1500倍左右

获奖(Honors)：

2009年国际基因工程机器（iGEM）大赛金奖 （Gold Medal in 2009 iGEM competition）

研究方向

研究领域为生物信息学。研究方向包括：1）基因结构预测；2）调控因子识别；3）元基因组学和病原基因组学，以及4）GPU 在生物信息学中的应用研究。

1）基因结构预测：利用统计模型和算法基因结构预测，包括可变剪切预测，重复序列对基因结构的影响，以及基因结构可变程度和相关基因疾病易感性的关联研究等；

2）调控因子识别：转录因子结合位点以及目标基因寻找以及调控因子模块寻找等；

3）元基因组学和病原基因组学：基于新一代测序技术的元基因组数据采集和分析方法与系统及其应用，包括元基因组物种组成结构和基因功能组成分析系统以及基于元基因组学的未知病原鉴定系统等应用研究；

4）GPU在生物信息学中的应用：包括利用GPU加速元基因组学分析系统和高速序列比对算法等。

代表性论文（Selected Papers）：

1. Zheng, G., Wang, H., Wei, C.*, Li, Y.,“iGepros: An integrated gene and protein annotation server for biological nature exploration”, BMC Bioinformatics， 2011, 12(Suppl 14):S6.

2. Jia, P. , Xuan, L. , Liu, L., Wei, C.* , “MetaBinG: Using GPUs to Accelerate Metagenomic Sequence Classification”, PLoS ONE，2011, 6(11): e25353.

3. Ling, Z., Kong, J., Jia, P., Wei, C., Wang, Y., Pan, Z., Huang, W., Chen, H., Xiang, C., “Analsysis of oral microbiota in children with dental caries by PCR-DGGE and Barcoded Pyrosequencing”, Microbial Ecology, 2010, 60(3):677-90.

4. Zhang, C., Zhang, M., Wang, S., Han R., Cao, Y., Hua, W., Mao, Y., Zhang X., Pang X., Wei, C., Zhao, G., Chen, Y., Zhao, L., “Interactions between gut microbiota, host genetics, and diet relevant to development of metabolic syndromes in mice”, ISME J, 2010, 4, 232–241.

5. The MGC Project Team, “The Completion of the Mammalian Gene Collection (MGC)”, Genome Research, 2009, 19:2324-2333.

6. Yang, X., Xie, L., Li, Y., Wei, C.*, “More than 9,000,000 Unique Genes in Human Gut Bacterial Community: Estimating Gene Numbers Inside a Human Body”, PLoS ONE, 2009, 4(6): e6074.

7. Zheng, G., Tu, K., Yang, Q., Xiong, Y., Wei, C., Xie, L., Zhu, Y. and Li, Y. “ITFP: an integrated platform of mammalian transcription factors”, Bioinformatics, 2008, 24(20):2416-2417.

8. Huang, T., Tu, K., Shyr, Y, Wei, C., Xie, L. and Li, Y. “The prediction of interferon treatment effects based on time series microarray gene expression profiles”, Journal of Translational Medicine, 2008, 6:44

9. Zheng, G., Qian, Z., Yang, Q., Wei, C., Xie, L., Zhu, Y. and Li, Y., “The Combination Approach of SVM and ECOC for Powerful Identification and Classification of Transcription Factor”, BMC Bioinformatics, 2008 Jun 16；9(1）：282.

10. Arumugam, M., Wei, C., Brown, R. H. and Brent, M. R. “PAIRAGON + N-SCAN_EST: A Model-Based Gene Annotation Pipeline”, Genome Biology, 2006, 7(Suppl I):S5.

11. Wei, C. and Brent, M. R., “Using ESTs to Improve the Accuracy of de novo Gene Prediction”, BMC Bioinformatics, 2006, 7:327.

12. Wei, C., Lamesch, P., Arumugam M., Rosenberg, J., Hu, P., Vidal, M., and Brent, M. R., “Closing in on the C.elegans ORFeome by Cloning TWINSCAN predictions”, Genome Research, 2005, 15:577-582.

13. Stein, L. D. Z. Bao, ..., Wei, C., ..., Waterston, R. H., “The Genome Sequence of Caenorhabditis briggsae: A Platform for Comparative Genomics”, PLoS Biology, 2003, 1(2): E45.

研究成果

1. 主持863项目一项

“基于新一代测序技术的元基因组数据采集与分析系统”，课题编号2009AA02Z310,时间2009.1-2011.12

2. 主持国家自然科学基金一项

“基因结构多变性指标及其在基因的疾病易感性研究中的应用”，项目批准号60970050，时间2010.-2012.12

3. 主持上海市科委 基础重点项目一项

“在基因组序列中寻找复杂结构子序列模块的算法及系统研究”，课题编号08JC1416700， 时间2008.10-2010.9.

4. 主持上海市浦江人才计划

“条件随机场理论及其在生物信息学中的应用研究”，课题编号09PJ1407900, 时间2009.10-2011.9