台湾产业科技协进会在2002年1月11日正式成立。在理事监事选举中，“中华开发银行”董事长刘泰英被选为理事长，“立法委员”柯建铭、交通大学校长张俊彦、工业研究院光电所副所长黄德瑞、“总统府科技咨询委员会”执行长黄昭渊（北美台湾教授协会成员）、工业区厂商联合会理事长黄宗源则获选为副理事长。“总统府资政”姚嘉文担任监事会主席。主要是针对以国民党为主导的玉山科技协会，争取科技企业与人才的支持。成员包括300多人。该协进会宗旨为“利用高科技人力促成传统产业升级，吸引高科技产业在台深耕，建立绿色矽岛”。协会强调“台湾优先，全球布局”。主要功能是提供政策科技产业政策建议、协助中小企业升级与实现根留台湾，落实绿色矽岛。强调不走大陆投资路线，认为大陆不是台湾产业升级与转型的唯一道路，而主张走国际路线，并选定纳米、生物医学、数字视讯、系统整合芯片等创新科技为可塑产业，因此将该协会定位为在“结合认同台湾优先的人士，共同为台湾产业科技的国际地位打拼”。计划在美东、美西、加拿大等重要华人科技圈成立多个分会。

新竹市民进党籍“立法委员”柯建铭是该协进会的主要推动者，他在科技界影响逐渐扩大。他曾是联电集团董事长。与柯建铭关系密切的新竹科技厂商还包括台湾超能源董事长徐仁福与智邦科技执行长黄安捷等人。新竹科学园区管理局局长李界木是陈水扁在科技界另一重要人物，是该协会的发起人之一。民进党新潮流系成员陈正然，任蕃薯藤公司执行长，是科技界独派色彩浓厚的人物，早年因“台独”政治言论受到检调单位搜捕。“资策会”执行长林逢庆曾是陈水扁任台北市政府时的建设局局长。

参加台湾产业科技协进会的企业也包括不少过去“泛蓝军”的支持者，如大同公司总经理林蔚山、与连战私交甚深的永丰余董事和何寿川、亲民党副主席张昭雄小舅子诚信创投公司负责人李正明。其中，团体企业会员包括中华开发银行、宏碁电脑、交通银行、中环公司、铼德公司等大型科技公司与工业银行等，其余多为个人会员。台积电与联电未加入团体会员。

这个协会不仅扁派、李派、独派色彩浓厚，而且也主要是针对国民党色彩浓厚的台湾玉山科技协会而成立。