孙全谋为中国清朝武官官员，本籍福建。孙全谋於1788年（乾隆53年）奉旨接替卓威光，於台湾地区担任台湾水师协副将。而隶属台湾镇之下的此官职是台湾清治时期的这阶段，全台湾的海防军事层级最高武将，其统帅三标水营，数千名水师兵勇。

前任：

卓威光 台湾水师协副将

1788年上任 继任：

李芳园

前任：

李芳园 台湾水师协副将

1791年上任 继任：

陈光昭