清华大学的生物信息学教育部重点实验室是我国第一个生物信息学重点实验室，是在清华大学生物信息学研究所及自动化系、生物系、计算机系、物理系等院系中若干生物信息学实验室的基础上建立的。重点实验室于2002年6月正式成立。生物信息学教育部重点实验室的主要学术方向和研究内容是利用现代信息和生物技术，以联系的、进化的、系统的观点从分子水平上对一系列生命科学重要问题进行系统的研究，探索重要生命现象的内在规律。

生命科学和信息科学是21世纪人类科学技术发展的两大前沿学科。作为这两大学科的交叉学科，生物信息学从其诞生之日起就迅速成为世界各国学术界瞩目的焦点领域。

近若干年内将重点在以下几方面开展研究工作：基因组组织与信息结构分析及基因选择性剪接机制研究，复杂疾病的基因组学及蛋白质功能预测研究，与基因组信息相关的核酸、蛋白质结构预测和模拟，蛋白质功能预测研究，基因调控网络的建模与仿真研究，中医药生物信息学及中药分子网络调节理论与实验研究，针对生物信息学应用的高性能计算机及并行算法研究，一些重要信号传导机制分析和利用SNPs进行药物靶标研究，以及其他围绕生物信息学的基础性研究工作。

生物信息学教育部重点实验室是在李衍达院士的领导下建立的，第一任主任是郑纬民教授，副主任是张学工教授和孙之荣教授。我国著名生物和医学专家吴旻院士和强伯勤院士分别任学术委员会名誉主任和主任，美国科学院院士、MIT著名数学家林家翘(C.-C.Lin)教授任学术委员会顾问。学术委员会由15位国内外著名专家组成，其中包括生物学、医学、生物化学、生物物理、信息学、计算机、数学等多个领域的专家，有中科院院士9人，美国哈佛大学和耶鲁大学的生物信息学专家3人。实验室目前有来自清华大学自动化系、生物系和计算机系的常任科学家8人，其中中科院院士1人，教授6人、副教授2人，每年招收硕士、博士生共约20-30人，每年引进交叉学科博士后研究人员3-6人。