永正元年（1504），岛立贞永筑，原名深志城。

深志城处于中山道、北陆道、越后道的交通要道，因此是兵家必争之地。天文十九年（1550），武田信玄攻下深志城。

武田家占据了二十二年后，天正十年（1582），织田信长灭武田家，将此城占领。但不到一年，本能寺事变爆发，信长自焚。上杉景胜的家臣小笠原贞重取了深志城。改名为松本城。

秀吉发动小田原之战时，小笠原氏归顺，被转封到古河，新封入的石川数正筑成了现在的松本城。

关原大战后，小笠原氏再次入封，此后，户田、松平、崛田、水野、户田氏相继入封。