排污许可证实行程序是指在一定管辖范围内，环境主管部门与排污单位依照单位排污许可证制度规定实施的一系列管理活动过程或阶段。它一般包括：排污许可证申请，排污许可证申请受理审查，排污许可证发放、排污许可证监督管理和排污证的中止、处罚等程序。我国当前开展的排放水污染许可证试点工作中的4个阶段：污染物排放申报登记、污染物排放规划分配、排污许可证审批发放和排污许可证监督管理已包含了上述实行程序的响应内容。