南充市疾病预防控制中心位于南充市顺庆区马市铺路100号，邮政编码637000。2004年4月经市委市政府批准，将卫生监督执法职能与疾病预防控制职能分开，南充市卫生防疫站更名为南充市疾病预防控制中心，同时挂牌南充市卫生检测检验中心，是知识、技术密集型的正县级社会公益性卫生事业单位。肩负全市疾病控制、卫生监测、卫生检验检测、健康教育、科研培训等职能。现有职工68人，大专以上学历占31.75%；高级职称12人，中级职称20人；中心设办公室、人事科、计划财务科、总务科、质量管理科、食品卫生监测所、公共与职业卫生监测所、急性传染病防治所与免疫规划所、慢性病地方病防治所、卫生检验检测所、性病艾滋病防治所、信息宣传所、预防医学门诊、马市铺门诊共14个所室。

2002年争取国家西部疾控中心国债建设项目，于2004年10月建成中心综合楼4800平方米。中心现有仪器设备68台件。2003年市政府利用中德财政卫生贷款配备66万欧元的仪器设备。2005年以来先后取得了“四川省职业健康检查机构批准证书”、“四川省职业卫生技术服务机构资质证书”、“资质认证计量认证证书”，极大提高全市整体疾病预防控制能力。

市疾控中心成立以来，在市委、市政府正确领导下，市卫生局直接关怀和上级有关部门支持下，以科学防病、规范管理，服务社会为理念，按“树形象、争一流、促发展”思路，坚持以人为本，全面推行人事制度改革，实施中层干部竞争上岗和全员聘用制。认真贯彻执行预防为主的卫生工作方针，切实履行疾病控制机构职责，狠抓常见病，多发病和重点疾病防治，强化疫情报告信息网络建设，大力开展疾病、健康危害因素监测与评价；普及健康教育、及时处理各类传染病疫情和突发公共卫生事件，为保障全市人民身体健康和生命,安全经济发展与社会进步发挥了应有的作用。先后获得卫生部“结核病防治工作先进集体”、四川省“疾病预防控制先进集体”、“计划免疫工作先进集体”、“职业卫生先进集体”、 “公共场所监测先进集体”、南充市“防治非典工作先进集体”、“创建省级卫生先进集体”、“全市卫生系统先进集体”等荣誉。