民国时期掌管蒙古、西藏等地区少数民族事务的中央机关。辛亥革命后，废清理藩院，设蒙藏事务局，隶内务部，掌管蒙古、西藏等地少数民族事务。北洋政府任命姚锡光为副总裁兼署总裁。1914年，袁世凯废止国务院官制设改政事堂后，将蒙藏事务局改为直属大总统府的蒙藏院，地位与各部相同，置总裁、副总裁，以贡桑诺尔布任总裁、熙彦任副总裁。下置参事、佥事、主事、司长、秘书、翻译官等职；下设参事、秘书两室，总务厅及第一、第二两司。总务厅复分编纂、统计、翻译、会计、出纳、庶务、承值等七科，第一司复分民治、劝业、边卫三科；第二司复分封叙、宗教、典礼三科。南京国民政府成立后，于1928年改蒙藏院为蒙藏委员会，先直属国民政府，后改隶行政院，为中央主管蒙藏政务之最高机关，特任阎锡山为委员长，指定赵戴文为副委员长。下设蒙事处、藏事处、蒙藏教育委员会、编译室、调查室等。其直属机关有驻北平办事处、蒙藏学校、蒙藏训练班、驻印通讯处、蒙藏招待所、蒙藏旬报社、张家口台站管理局、杀虎口台站管理局、古北口台站管理局、喜峰口台站管理局。此后，蒙藏委员会以1929年6月17日国民党第三届中央执行委员会第二次全体会议通过的《关于蒙藏之决议案》为指导，着手调查蒙藏情况，革新行政制度，兴办教育及筹备自治等项工作。1932年，复协助行政院解决康藏纠纷，使历经数载的纷争得以平息。1940年，国民政府特派蒙藏委员会委员长吴忠信为专使入藏，主持第十四世达赖喇嘛坐床典礼。4月1日在拉萨成立蒙藏委员会驻藏办事处，以加强中央政府与西藏之间日常事务之处理及商洽事项，西藏与中央之关系亦日臻密切。1949年8月10日，国民政府特派蒙藏委员会关吉玉为专使，在青海省塔尔寺主持第十世班禅坐床典礼，并颁发汉藏文合璧的“西藏班禅行辕堪布会议厅”印鉴。