连云港海洋博物馆前身为连云港市海洋生物展览馆,始创于1988年,2004年5月18日第28届世界博物馆日经改制成立。主管单位为连云港市文化局。现有馆员以上职称者5人,具有雄厚的自然生物标本制作队伍和技术。馆址在连云港市新浦区朝阳东路68号。

20年来为国内30多家自然博物馆、博物馆、大专院校、生命科学院、海洋馆和文教单位提供了大量的自然生物标本和技术合作,在国内业内有着较高知名度。现建设为集文物收藏保护、艺术品投资、自然历史陈列等馆藏内容为一体的综合性博物馆。与连云港市博物馆合作在市博物馆二楼建设“美猴王龙宫探宝——海洋动物标本陈列”；与上海玉艺堂艺术品有限公司合作在上海南京路建设玉艺堂艺术会所。

主要开展文物保护、收藏、展览、宣传等活动,及美术作品、名家字画、艺术品收藏、投资、复制、展览和交流。收藏历史和现代人类物质文化标本和自然科学标本、实物。开展对人类物质文化遗产和自然遗产的收集、研究、保护。开展野生动植物驯养繁殖、自然生物标本生产制作、展览、贸易。对外开展文化艺术交流活动、举办大型会展。开展对相关文物、野生动植物及自然环境的保护工作。对相关优秀项目进行投资开发。

自2000年以来，先后与张家港博物馆、吴江博物馆、九江图书馆、淮南市工人文化宫、商丘博物馆、苏州老阊门金店、泰兴文化馆、太仓青少年活动中心、安徽省博物馆、安徽省徽园、徐州动物园等单位开展“大型海洋生物科普展览”活动，受教育人群达120多万人次，等到社会各界广泛好评。

2009年首次发现和制作我国大陆唯一的柯氏喙鲸；相关论文和报道在《大自然》杂志、《水产科学》杂志、《中国海洋报》、《中国渔业报》等报刊发表。

2010年录入全国博物馆名录。“建设江苏省海洋博物馆的现实意义”论文在《连云港历史文化》刊物上发表。

2011年3月配合山东省日照市水产研究所制作完成14米长布氏鲸剥制和骨骼标本；5月，“中科院谱系生物标本制作技艺”录入连云港市级非物质文化遗产名录；6月3日，cctv-10套《讲述》栏目播出“探秘巨鲸”节目。