MS拥有很强的作战能力，一年战争中期一些特种作战用MS被开发了出来。MS-06E就是为了自护军侦察部队的需要而设计出来的特种作战用MS，它是从C型和F型改进过来的，这在另一方面证明了MS-06系优秀的泛用性。

MS-06E的装甲对比起MS-06F来说薄弱了很多，它的作战目的并不需要它与敌人的MS进行正面交火，因此测试进行时还不断收到撤除装甲的要求。同时，机体在多个部位（包括胸部）加装了发动机喷口，使用的是原本使用在MS-06S上的大推力火箭发动机，这使机体的机动性能有非常大的提高。机体内部设计进行了调整，增加了10%的燃料装载量，以提高机体的持续作战能力。

这台机体最大的作战任务是侦察敌方行动，因此设计者在这些方面的出力也最多。机体头部的单眼式探测器被换成了大口径高精度摄像机，双肩排除了装甲后各装上一台摄像机，甚至在胯当部位亦加装了一台摄像机。机体本身没有武装，作为代替，MS-06E使用CE-16 TX型手枪型摄像机。由于执行的是特种任务，它的涂装亦与其他MS不同，采用深灰色和藏青色为主色，以期减少被发现的机会。另外机体装备了紧急逃脱舱。

MS-06E总生产量大约是100架。当它被敌人发现时，就只能用它强大的机动力来逃跑了。当然，设计者也给予本机保留了电热斧和Ms用手榴弹，作为被逼入绝境时的自卫武器。

机体代号

日文： 强行侦察型ザクⅡ

英文： Reconnaissance Type Zaku

中文： 强行侦察型扎古Ⅱ

出现作品： MSV(Mobile Suit Variations)

机体类型： 侦察用量产型MS

制造商： 吉翁尼克公司

所属： 吉翁

初次配备： U.C.0079

内部环境： 未完成型标准式驾驶舱（部分机体后来升级到全周天屏幕/线形坐椅式坐舱系统）

尺寸： 头顶高：17.7米 全高：18.0米

重量： 本体重量：60.4吨 全备重量：76.2吨

装甲材料及结构： 超高张力钢（超硬钢合金）

发电机出力： 951KW

推进力： 53750KG

加速度： 0.71G

传感器探测有效半径：3200米

选用手部武器： CE-16TX型摄像枪×1

另外，本机还有型号为MS-06E-3的衍生型机体。06E-3的头部摄像机采用了三合一设计，背部装备了新开发的复合探知设备，侦察能力大大上升。射出前，复合探知设备的机翼向上、向后折起；射出后，到达作战区域时增速用火箭点火，机翼打开，以高速侵入目的地，获取情报。此机种主要从属于外洋舰队的特殊侦察小队，从事对联邦军设施的侦察任务。本机总计生产了16架。