江苏农学院前身为创建于1952年5月的南通学院农科农艺系、牧医系、苏南文教学院农业教育系、江南大学农艺系。1962年6月 江苏水利学院大学部(机电排灌、农田水利和河川枢纽及发电站专业)并入；1971年 南京农学院迁来扬州与苏北农学院合并，更名为江苏农学院；1979年南京农学院返回南京，恢复建制；江苏农学院仍留在原校址办学。1992年5月江苏农学院与扬州师范学院、扬州工学院、扬州医学院、江苏水利工程专科学校、江苏商业专科学校联合组建扬州大学。