该馆前身为位于吉林大学北校区（原吉林大学旧校区）的文物室，现正式选址于吉林大学新建的中心校区-前卫南校区原D食堂。2010年4月全馆工程建设完成，先馆内布展以及内部装修全部已经完成，整在申办各种手续中，相信不日之后就将正式开馆广纳全校师生以及海内人士。

该馆的筹建实属不易，经历了大小不少波折，耗时旷久。它凝结了包括吉林大学边疆考古研究中心多位老师在内的有识之士的无数艰辛的努力与争取。

目前该馆隶属关系未定，不过学校已经任命边疆考古研究中心兼文学院考古系博物馆学专业的史吉祥教授担任馆长。