婚配制度（mating system）指动物获得配偶的数目、配偶联系的性质和雌雄动物在育幼中的职责。

婚配制度主要受资源（尤其是食物）的丰盛程度和个体对配偶的控制能力影响。例如白脸山雀的幼鸟，每天要吃许多虫子，故其双亲必须很好地协作，否则其后代便无法生存。由于雄鸟把大量精力用于哺育后代，所以无力顾及其他雌鸟，于是形成了单配偶制。这种一雄一雌的单配偶制，在鸟类中十分普遍。许多鹿类的幼体靠母兽哺育，雄兽在这方面的作用相对减少，它主要负责保护雌兽和幼体，或占领一块领地，因此，在社群中占优势的雄性往往占有几个雌性个体。这种一雄多雌的多配偶制在哺乳动物（尤其是有蹄类）中很普遍，一雄多雌制的雄兽常比雌兽的个体大。还有一雌多雄的多配偶制，如一种斑鹬的雌鸟能产几窝卵，由几只雄鸟孵化和育雏，它对幼鸟却很少照料。在一雌多雄制的鸟类中，雌鸟个体通常大于雄鸟，而且更富于进攻性。多配偶制中还有一种特殊的亚类型，称为混交制，即无论雌性还是雄性，都可与一个或多个异性交配，而不形成固定的对，但不是无目标无规则的乱交。

动物的婚配制度具有一定的可塑性，它取决于食物的分布和保证情况、保卫资源和进行婚配消耗的能量和种群密度诸因素。与动物的婚配制度相仿，多数陆生植物和海洋藻类也具有雌雄同花、雌雄同株异花或雌雄异株等各种性别关系，称为性别系统（sexualitysystem）。