寡核苷酸纯化柱（OPCs）含有能与疏水基团高亲和性结合的树脂，由于合成不完全的寡核苷酸不含二甲氧三苯甲基，因而可通过树脂将其与全长寡核苷酸链分离。这种附着于寡核苷酸链上核苷酸的5'羟基的保护基团通常在常规合成过程中用TCA脱去。然而，如果DNA合成的最后一步省略了TCA循环，则由此合成的寡核苷酸的5'端会含有二甲氧三苯甲基。