目前世界上的海水养殖系统，大多已进人半集约化或集约化养殖，饵料的投人和残饵的生成是促成养殖自身污染的一个重要因素。具体来看，虾类养殖污染主要来自新生残饵溶出的N、P营养物质，以及养殖排海水中大量的硫化物、NO、NH4和悬浮固体，鱼类除了残饵以外，还包括鱼类的粪便及其排泄物，这些物质中所含的营养物即N、P和有机质，对水体和底泥将产生富营养化影响。总体来说，养殖自身污染属于有机污染，其形式主要是增加了N、P的环境负荷量。

在经济利益的驱动下，不少地区无序、无度甚至无偿盲目发展养殖业，大规模的围垦造成海域面积减少，纳潮量降低，削弱了海洋的自净能力，加剧了水域环境的恶化。养殖业主在海面上盲目建造网箱、架设吊养筏架而造成养殖密度过大，远远超过海洋生态系统的承受能力，造成海水养殖生态系统物流和能流循环受阻或紊乱，引发病害。大量残饵、碎屑、鱼虾粪便，以及养殖工人生活垃圾的分解，产生大量的氮磷营养物质，导致养殖水域富营养化，为赤潮生物提供了适宜的生态环境，是诱发赤潮的根源。无规划的海水养殖正成为近岸海域重要的污染源，甚至有超越陆源污染的趋势，如在挪威的一些养殖区，其对该海域造成的污染危害程度，和对生态系统直接破坏的严重性远远超过陆源污染。