海水入侵含水层是指海水入侵淡水含水层的现象。在海滨地区，当含水层与海水有直接水力联系时，若地下水位高于海水位，则地下水排泄入海，一般不会发生海水向内陆含水层入侵现象。但若超量不开采地下水，破坏了淡水与海水的补排关系，海水即会向内陆含水层入侵。防止海水入侵的关键是保持淡水层的水位高度。荷兰的滨海城市阿姆斯特丹多年来依靠取用滨海沙丘中的淡水作为供水水源，随着采水量不断增大，下伏咸水不断上升，近30年来开始引用莱茵河水人工回灌沙丘潜水，以保证正常洪水需要，防止海水入侵。有时可在供水井与海岸间打一排井，用抽水造成水位低槽，或用注水形成水力屏障，以防止咸水进入供水井。在有利的地质条件下，可修建防水堤以阻挡海水入侵。