巩乃斯河是伊犁河的支流之一。巩乃斯河发源于那拉提山，流经新源县全境。

巩乃斯河在喀德明山附近与特克斯河汇合，其後再和喀什河汇合，进入哈萨克斯坦，最终流入巴什喀尔湖。