阜药集团内设行政、财务、信息、采购、质控、仓储、销售、配送、器械、保障10个中心，现有员工480人，其中具有大、中专以上学历的310人，执业药师、从业药师、主管药师、经济师、会计师、政工师等中级以上职称的68人；拥有冷库、常温库、标准库20栋，近30,000平方米，办公楼7,600平方米，商务中心3,200平方米，销售服务及零批配送大厅3,300平方米，园区内设有防雨棚的停车场15,000平方米，有大量广告位，总资产4.18亿元。
集团公司作为大型医药批发企业，一流的现代医药物流平台，已与分布在全国20多个省、市、自治区的近3,000家医药厂商和4,000余家大、中、小型批发零售企业、医疗机构建立了稳定的购销关系，经营品种近万个。2004年销售额近15亿元，2005年计划目标25亿元。
集团公司于2004年投入使用的"一方医药流通联盟管理系统"，是目前国内医药流通领域的创新和技术革命。它为集团公司提供了科学、规范的现代化管理工具，同时也为集团公司的发展战略提供了强有力的支持。
2004年8月以来，集团公司先后与陕西新世界医药有限公司、淮南新欣医药有限公司、合肥同致医药有限公司建立了医药流通联盟，2005年还将与山西太原晋康药业有限公司建立医药流通联盟。