Composite transposons (复合转座子)：一类带有某些抗药性基因（或其它宿主基因）的转座子，其两翼往往是两个相同或高度同源的IS序列。表明IS序列插入到某个功能基因两端就可能产生复合转座子。

一旦形成复合转座子，IS序列就不能再单独移动，因为它们的功能已被修饰，只能作为复合体移动。