清光绪二十五年（1899年5月8日），清廷镶红旗协领明玉会同税务司前往三都澳开关，三都澳港正式对外开放。次年5月设立福海关（当时闽东称福宁府），是继闽海关、厦海关之后设立的福建省第三个海关。福海关，它与当时的厦海关不通，厦海关完全独立于闽海关，而福海关则受闽海关税务司和总税务司的双重领导。三都澳港开放初期，商贸不多，税务较简，由当时的东冲口委员就近兼管，后又由中国当局和闽海关税务司共同组成一个委员会，负责管理。

三都澳自开辟为通商口岸后，关税主权就始终操在外国人手中。设在三都澳的「福海关」，内设有税务司一员，长期由英国人担任。这座福海关从成立到撤销有50多年的历史，尽管经营者在它的筹建和发展上倾以心血，按照洋关建制，内外班、工役、海务，样样俱全，但真正旺盛的时期却十分短暂。福海关作为福建海关史上特殊产物至1949年终于正式关闭。

福海关税务司，为晚清西洋风格建筑，砖木混凝土结构，占地面积600平方米，进深30米，面阔20米，高15米，双层正方脊顶，拱形门窗。抗战期间，遭日军多次轰炸，并两次登陆烧杀抢掠，旧埠建筑破坏严重，现仅存三都镇西部山岗上的部分建筑，有福海关和由西洋人留下的教堂、修道院、聚教楼等。

当时，三都岛上分外街、中街和内街。外街为大机关、大洋行所占据，有海关、海关俱乐部、海关代报处，各国的洋行代理处，包括美商「美孚」、「德士古」以及英商「亚细亚」煤油、肥料、航运、茶叶、水产等20多家洋行，同时还有国内富绅办的公私银行（中央银行、农民银行等）、钱庄、保险公司以及经营百货、京果的大商行等众多国内企业落户三都岛；此外，当地还开设了一家「新民」大旅社，楼上设有「清唱堂」与鸦片馆。中街则是三都澳日常生活买卖中心，大多当地人的人开的日用品小商店，每逢茶季还开几家茶栈。内街为居民区，期间也偶有夹杂著几间小店，远不如外街、中街热闹。