EPCS(Erasable programmable configurable serial)是串行存贮器，NiosII 不能直接从EPCS中执行程序，它实际上是执行EPCS控制器的片内ROM中的代码（即Bootloader），把EPCS中的程序搬到RAM中执行。

FPGA配置数据和NiosII程序都存放在EPCS器件中。FPGA配置数据放在最前面，程序放在后面，程序可能有多个段，每个段前面都插有一个“程序记录”。一个“程序记录”由2个32位的数据构成，一个是32位的整数，另一个是32位的地址，分别用于表示程序段本身的长度和程序段的运行时地址。这个“程序记录”用于帮助Bootloader把各个程序段搬到程序执行时真正的位置。