石眼是端砚独有的特色。是天然生长在砚石上犹如眼睛一样的“石核”。长有石眼的端砚石十分宝贵和难得。《砚谱》：“端石有眼者最贵。”在水岩、坑仔岩、麻子坑和梅花坑的少数砚石中可以见到石眼，宋坑砚石也偶有发现。石眼形体圆正或尖长，长在天青或青紫色的砚石上，呈青绿或翠绿略带微黄色，瞳子碧黑，深浅相间。别致者是晕作数重甚至十数重，如果兼有瞳子，看上去活象某种鸟兽的眼睛。石眼质地高洁、细润、晶莹有光。石眼的品类不一，名目众多，名称也繁杂，一般以形定名。常见者有鸲鹆眼、鹦哥眼、凤眼、了哥眼、雀眼、鸡公眼、猫眼、象眼、绿豆眼、猪鬃眼等。石眼又按其生长位置，分高眼、低眼。石眼出现在墨池顶端正中或偏旁者叫高眼，长在其它位置者称低眼。高眼利于艺术加工，便于鉴赏，可以起到点石为金的作用，非常名贵。低眼经过巧妙的艺术加工，也同样能起到很好的装饰作用。石质幼嫩则多眼，嫩则细润发墨，所以砚石贵有石眼。石眼具有高度的欣赏价值和经济价值。

其实石眼虽然宝贵，但于下发墨并无益处，因此古人并不看重。但世人只重其表，反倒以石眼为最可贵，一只石眼，往往便值天价，可以说是舍本逐末！