邓林乔，字子祯，曾与堂兄邓林材师事赵文肃公（字贞吉，号大洲，明礼部侍郎、文渊阁大学士），世居内江县西乡丛林铺（现市中区史家方向的白衣阁），明嘉靖四十二年（1563）得中甲子科举人，次年得中乙丑科三甲进士赐同进士出身，授官余姚令。在任期间，严格核办侵占官盐案，施行轻徭役、免勾军、富农桑的新法，离任后余姚人将其名列名宦祠以祭祀。

隆庆五年（1571)因政绩卓越而得擢升御史，并被荐入经筵。一日，“帝（指隆庆皇帝）因天寒辍讲”，“独林乔抗疏三上，词甚剀切，上颇许之”（见明史卷七十六列传〈邓林乔〉）。

万历初，北方边境告急，总督王监（王字旁加监）湖上奏以开互市，邓林乔也以开互市于国有五利而力促其事，五利者一曰蓄财力、一曰安边靖、一曰恤民力、一曰宽国用、一曰扬天（国）威，然而却因朝中的两位阁臣张居正与高拱明争暗斗而未成，于是邓林乔乃借同乡（主要是赵贞吉，此时赵贞吉虽已离开朝廷，却还是在朝内有一定影响力）的关系而离开朝廷外任，以湖广佥都御史起补荆州巡检事。因荆州城西水灾多，好事者聚众为盗，邓林乔到任后，命令在沙洋等地筑堤，严加捕缉水盗，水上盗患平息了，水患也防止了。

万历三年又因边境告急调至冀北，提升至参伯廉访使，当时邓林乔所辖的西宁因地处边境要冲，附近的都儿察罕诸酋长多蛮横不驯，时值连年干旱，军饷又匮乏，邓林乔渐次整理，使得边境安宁，边境的名王部落没有不知道他的名声的。后又升为佥都御史，巡抚宣（府）大（同）。在边境任职十五年，多次册封边境名王，经营贡市（边疆贸易）。曾经上疏陈述过边境事务十五条，言辞凿凿，都是救济时事的中肯议论。万历十八年（1590）升任都察院右副都御史，总督陕西三边。