1998年“好人”小渊接替桥本龙太郎出任首相。当时内外舆论普遍认为他不过乃过渡性人物，人们拭目以待他“钝牛研角”究竟能“研”出什么名堂来。但到了1999年底，人们不得不对他刮目相看。这个好似缺少魄力的首相，恰好具备了日本政治家必备的妥协与协调的典型气质。9月21日，他在自民党总裁选举中再次当选。小渊的长期执政已成定局。

小渊的拿手好戏就是屈尊实现各党派联合，在国会形成优势地位。日本国会分为众参两院，重要法案均须依次在两院通过方能成立。55年体制崩溃之后，自民党在众议院已恢复多数议席，但其参议院议席却远未达到半数。加之在1998年的参议院选举中惨败，自民党的议席更为减少。小渊上台伊始，便以妥协换取了民主党的支持而度过了“金融国会”险关。1999年初，他以同样手法与自由党实现了“自自联合”，然后又百般争取到公明党的支持，从而一举扭转了执政势力在参议院处于劣势的尴尬局面。由于1999年9月30日在日本茨城县东海村发生了日本历史上最严重的核泄漏事故，因此，日本首相小渊惠三决定将原定于10月1日的“自自公”内阁的成立推迟。10月4日，小渊组成“自自公”联合内阁，18名阁僚中自民党占15人，其中小渊派、加藤派、江藤—龟井派、森派4大派系各占3名，山崎、河本和河野集团3个小派各占1名，基本上保持了派系平衡。另有自由党、公明党和民间人士各出1人。 这便是所谓的“自自公”联合执政体系。 日本的“自自公”合作体系堪称小渊上台后的一大杰作，他对此倾注了大量心血。三党联合后，在众议院500个席位中占357个，议席占有率为七成以上；在参议院252个席位中占141个，议席占有率接近六成。如此强大的执政党在日本战后还是第一次出现。这意味着今后政府和执政党方面提出的各项议案可以在国会“所向披靡”，小渊政权成为名副其实的强势政权。

然而好景不长，2000年4月2日凌晨1点，日本首相小渊惠三突然身体不适，被送往东京文京区的顺天堂医院抢救，从此昏迷不醒，只能靠心脏起搏器来维持生命。4月3日，联合执政的自由党分裂，近半数自由党国会议员宣布退出该党，成立保守党。至此，组建不到半年、一度轰轰烈烈的日本自民党、自由党和公明党（自自公）三党联合执政体系瓦解。4月4日晚7点，小渊内阁宣布集体辞职。4月5日上午，自民党召开全体议员大会，推举干事长森喜朗为该党新总裁。中午12点30分，众院以335对153的票数推举森喜朗为日本新首相。一小时后，参院象征性投票通过这一提名。当晚，日本新内阁成立，同时标志着“自自公”体系解体。