位于沱江南岸，水南街横侧背后，北与原县政府现县财政局邻界，南抵成渝铁路。其前身系1913年创建的初等小学校。1927年8月至1928年1月，停办一个学期。学校恢复后，增设高小。1935年，改为“水南镇完全小学校”。1940年，实施新县制，改为“水南镇中心国民学校”。1944年，改为“水南镇第一中心国民学校”。

1950至1952年，校名为“水南街小学”。1953年，更名为“资中县第一学区中心小学校”，1956年为“资中县水南区中心小学校”，1968年为“资中县石膏乡小学校”，1969年起附设初中班。1988年，学校分成了“水南区石膏乡小学”和“水南区石膏乡初级中学”。1992年，资中实行撤区并乡建镇，学校随之更名为“水南镇中心小学”、“水南镇初级中学”。2002年7月，水南镇中心小学、水南镇初级中学合并为“水南镇中心学校”，履行管理全镇3所九年义务教育学校、2所完小、6所村小和1所公办幼儿园的职能 。

2005年，所辖学校共有教职工608人，其中在岗教职工402人，专任教师374人；有资中县名校长1人，资中县名教师1人，资中县骨干教师和学科带头人8人。学校领导班子以“让学生成才，让教师成功，让学校扬名，回报社会”为己任，全面实施“改革立校、科研强校，质量兴校”战略，坚持“让老百姓读得起，信得过”的办学理念，以质量求生存、求发展、求生源，强化教学科研、创新学校管理，重视学生德育工作和个性创造、开展素质教育特色活动，学校管理、教育教学质量均名列全县同类学校前茅。

该校先后获县级“少先队基础建设示范学校”、小学初中“教学质量一等奖”、“学校工作目标考核一等奖”、“未成年人思想道德建设先进集体”；市级“绿化先进单位”、“学校艺术教育先进集体”、“教育科研与教学改革实验组织先进单位”、“农村教育先进集体”、“教代会工作先进学校”、“教师职业技能示范学校”、“校务公开先进集体”；省级“少先队红旗大队”、“语言文字先进单位”、“对口支援工作十年行动计划先进集体”、“校风示范学校”等多项荣誉。