准格尔旗妇幼保健所始建于1958年，经过几代人的奋发努力，已由原来的单一保健机构发展成为集保健、医疗、教学为一体的医疗保健单位，承担着全旗的妇幼保健技术指导及妇女儿童疾病预防与治疗工作。全所现有业务用房1240平方米，设有病床15张，职工59人（聘用9人），其中卫生技术人员55人，具有高级技术职称3人，中级技术职称19人，大专以上学历41人，中专学历12人。设有妇女保健、儿童保健、婚姻保健，健康教育保健科室；妇产科、儿科、综合临床科（包括内科、外科、骨科、中医科、五官科）、护办、药房、检验、放射、心电、B超等临床科室。拥有X光机、B超、心电图机、心电监护仪、红外线乳腺透照仪、阴道镜、微波治疗仪、呼吸麻醉机、新生儿抢救台、血球仪、尿液分析仪、生化分析仪、微量元素分析仪等大中型设备。

多年来，旗妇幼保健所始终坚持“以保健为中心，以保障生殖健康为目的，实行保健和临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主”得法院卫生工作方针，认真贯彻落实“一法两纲”和党得妇幼卫生政策，开展了生理、病理产科得诊断和处理，各种常见病、多发病及部分急、危、重症得诊治，外妇科手术治疗、妇幼卫生、计划生育、母乳喂养知识得宣传和咨询、婚前医学检查、孕产妇系统保健管理、高危孕产妇识别、筛查、管理及住院监护分娩、孕产妇急救法尔贫困孕产妇住院分娩救助、妇女病普查治疗。开展了儿童系统保健管理、儿童生长发育及营养得检测与评价、儿童疾病的预防与治疗、新生儿疾病得诊断、治疗及护理工作。1985年被旗委、政府命名为旗级“文明单位”；1999年被国家卫生部、联合国儿童基金会、世界卫生组织命名为“爱婴医院”；1999年被鄂尔多斯市党委、政府命名为市级“文明单位”,被旗委、政府命名为“民族团结进步先进单位”称号；同年晋升为“内蒙古自治区一级科技档案管理单位”；在2000-2001年“降低孕产妇死亡率贺消除新生儿破伤风”项目工作中成绩突出，被中华人民共和国、国务院妇女儿童工作委员会、中华人民共和国财政部授予“先进集体”称号；2003年，在抗击“非典”的战斗中，被鄂尔多斯市党委授予“先进党支部”称号；同年被鄂尔多斯市党委授予“基层先进党支部”称号；2004年被被内蒙古自治区卫生厅评为“自治区妇幼卫生工作先进集体”；1998-2003年连续获得旗卫生局综合目标管理奖；1990-2004年多次承担国际和国家妇幼卫生项目的实施工作。