二分院的历史源于1930年2月1日成立的四川省高等法院万县地方法院检察处。管辖区域为：万县、云阳、开江、开县、奉节、巫山、巫溪、达县、宣汉、万源、城口、忠县、丰都、梁山（现梁平县）、大竹、酉阳、秀山、黔江、彭水、石柱等20个县。1936年7月更名为四川省高等法院第二分院检察处，管辖区域不变。1947年1月更名为四川省高等法院万县分院检察处，仍管辖20个县。

中华人民共和国成立后，1952年10月，四川省人民检察署万县分署诞生。1955年1月改四川省人民检察署万县分署为四川省人民检察院万县分院。1966年文化大革命开始，检察机关受到冲击，工作停止，1975年取消人民检察院。

1978年3月，第五届全国人民代表大会第一次会议修正通过的《中华人民共和国宪法》规定“设置人民检察院”。11月，重建四川省人民检察院万县分院。

1993年4月，国务院决定撤销万县地区和县级万县市、万县，新建地级万县市及龙宝区、天城区、五桥区。四川省人民检察院万县分院更名为万县市人民检察院。管辖龙宝、天城、五桥3个区和梁平、开县、城口、忠县、云阳、奉节、巫山、巫溪8个县检察院。

1997年6月，重庆直辖市人民检察院成立。1998年8月，万县市人民检察院更名为重庆市人民检察院第二分院。同年6月，高检院批准撤销龙宝、五桥、天城3个区检察院，成立万州区人民检察院。二分院管辖万州区和8个县检察院。

人民检察院建立以来，二分院历史上曾有曹登益、王仲英、梁培基、李子成、刘玉山、聂代康、董世祥、王定顺等8位检察长。现任班子成员有：党组书记、检察长陈祖德，党组成员、副检察长张恺，党组成员、副检察长李存国，党组成员、副检察长邓发强，党组成员、纪检组长廖承文，党组成员、政治部主任王旗明。重庆市人民检察院第二分院有内设机构23个：政治部干部人事处、政治部宣传教育处、办公室、监察处、法律政策研究室、职务犯罪侦查局综合指导处、职务犯罪侦查局反贪污贿赂侦查处、职务犯罪侦查局反渎职侵权处、侦查监督处、公诉一处、公诉二处、监所检察处、控告申诉检察处、民事行政检察处、职务犯罪预防处、检察技术处、计划财务装备处、派驻三峡监狱检察室、派驻三合监狱检察室、派驻万州劳动教养戒毒所检察室、人民监督工作办公室、法警支队、机关党委。

今非昔比。民国时期检察机构设在法院内，与法院合署办公，伴随着人民共和国诞生的人民检察院几经曲折，走过了半个多世纪的风雨历程。1952年，四川省人民检察署万县分署成立时仅有3名检察干部。1955年更名为四川省人民检察院万县分院时，也只有11名干部，10个基层院共有50名检察干部。随着检察事业的发展，检察队伍不断壮大，到2009年9月，二分院机关已有94名检察官、13名书记员、8名司法警察。

二分院历史跌宕起伏，波澜壮阔，多少代人前赴后继，薪火相传，谱写出了历史的新篇。