较大河流有阿姆河、锡尔河、伊犁河和塔里木河等，大部分发源于中亚高山，冰雪融水为主要水源。阿姆河全长2540公里，流域面积46.5万平方公里，河口年平均流量1330立方米/秒；每年有两次汛期，一在春季4～5月，一在夏季6～7月，最高水位在夏季；12月至翌年2月下游结冻。短小的内陆河由于蒸发和灌溉，常在中途没于沙漠，如苏联哈萨克的楚河。沙漠边缘的内陆河水量很小，多为间歇河，只在春秋降雨时形成水流。在沙漠广布的内陆干旱地区，全年蒸发量大于降水量5～20倍，形成广大的无流区。