中国水产科学研究院黑龙江水产研究所创建于1950年,是我国建立最早的淡水水产科研机构。现隶属于农业部中国水产科学研究院。其主要任务是：从事淡水鱼类、特别是冷水性鱼类的基础、应用基础及应用技术研究，立足于解决黑龙江流域和三北寒冷地区淡水渔业发展中的关键技术问题。全所现有职工140人,专业技术人员97人,其中高级专业技术人员40人，中级专业技术人员35人，有14人享受政府特贴，4人被农业部和黑龙江省授予有突出贡献的中青年“专家”称号，1人获得黑龙江省政府颁发的“五一”劳动奖章。

黑龙江水产研究所下设养殖、遗传育种、生物技术、资源与环境四个研究室；拥有一个部级重点实验室——农业部北方鱼类生物工程育种重点开放实验室和一个院级重点实验室——中国水产科学研究院冷水性鱼类增养殖重点开放实验室。此外，国家水生生物转基因检测与监测中心、农业部渔业环境及水产品质量监督检验测试中心及农业部黑龙江流域渔业生态环境监测中心也挂靠在本所。

自建所以起,一直受到国家科技部、农业部、中国水产科学研究院和地方政府等的大力支持, 先后承担了国家重点基础研究发展计划（973计划）、国家高技术研究发展计划（863计划）、国家自然科学基金、国家重点科技攻关、省部级等重大科研计划项目500余项，通过科技人员的不懈努力，取得科研成果120余项，其中获得国家科技进步奖5项，省部级科技进步奖50余项。一批科研成果达到了国际先进水平，取得了较大的经济效益和社会效益，为北方乃至全国的渔业发展做出了重要贡献。