1987年8月8日，在定海成立中国农工民主党舟山市支部，时有党员19人（男17人，女2人）；其中医卫界12人，占63%，文教界4人，占21%；中上层知识分子10人，占总数的53%。支委会由5名委员组成，李隆华任支部委员会主委。1988年12月28日，在定海召开农工党舟山市第一次党员大会，李隆华向大会作《中国农工民主党舟山市第一届委员会成立筹备工作报告》。会议听取和审议该报告，并选举产生了农工党舟山市第一届委员会。委员5人，李隆华任主任委员，阮子羽任副主任委员，王贵清、陈保罗、曾苏漉为委员，其中阮子羽兼组织委员，曾苏漉任宣传委员，王贵清、陈保罗任社会服务委员。陈志义任市委会副秘书长。时有党员42人（男33人，女9人）；其中医卫界29人，占69%，文教界6人，占14.29%，科技界5人，占11.9%；其中有高级职称5人，占总数的11.9%，中级职称27人，占64.29%。市委会下辖直属党小组、定海区党小组、普陀区党小组和嵊泗县党小组(89.4建立)四个基层组织。1989年9月1日普陀区党小组升格为支部，1990年5月22日嵊泗县党小组升格为支部。之后又相继建立了三个党小组，即：定海城关综合党小组、舟山医院党小组和舟山卫校党小组。1991年3月20日，经一届三次全体党员大会选举，增补陈志义、裘樟兴为市委委员。

1992年1月16日至17日，在定海召开农工党舟山市第二次党员大会，李隆华向大会作《中国农工民主党舟山市第一届委员会工作报告》。会议听取和审议了该报告并选举产生了农工党舟山市第二届委员会，委员7人，李隆华继任主任委员，曾苏漉任副主任委员，陈志义、王贵清、陈松菊、陈保罗、裘樟兴为委员，陈志义兼任秘书长，王贵清为社会服务委员，陈松菊为宣传委员，陈保罗为组织工作委员，裘樟兴为三胞联络工作委员。市委委员中最大年龄70岁，最小年龄39岁，医卫界4人，文教界1人，经济科技界1人，从事专职党务工作1人。时有党员68人（男49人，女19人），医药卫生界42人，占党员总数61.8%，文化教育界10人，占党员总数14.7%，经济科技界12人，占党员总数17.6%，其他界别4人，占党员总数5.9%。市委会下辖普陀区、嵊泗县2个支部和直属、定海区、定海城关综合、舟山医院和舟山卫校5个党小组。二届市委会期间，舟山医院党小组和定海区党小组分别于92年7月和93年11月升格为支部，后又建立市中医院支部。1992年2月27日，市委会二届三次会议决定，任命赖承圭同志为市委会副秘书长。1995年3月全体党员大会增选赖承圭、谢成官两名同志为市委委员，市委会二届二十三会议研究，赖承圭分工负责组织工作，谢成官分工负责三胞联络工作。同年12月21日市委会二届二十四次（扩大）会议补选赖承圭同志为农工党舟山市委员会副主任委员。

1996年11月22日，在定海召开中国农工民主党舟山市第三次党员大会。赖承圭作《中国农工民主党舟山市第二届委员会工作报告》，会议听取和审议该报告并选举产生第三届委员会，委员9人，赖承圭任主任委员，曾苏漉、陈松菊、周伟昌任副主任委员，陈志义、谢成官、詹亚园、袁惠生、邓幼玲任委员，周伟昌兼任秘书长。李隆华同志为第三届市委会名誉主委。时有党员102人。其中具有中高级专业技术职称的95人，占党员总数93.1%；医卫界人士72人,占党员总数70.6%。1997年8月14日，市委会三届七次会议决定，周伟昌同志因回普陀区中医院工作不再兼任农工民主党舟山市第三届委员会秘书长职务。基层组织经过调整和更名，在第三届市委会成立时有嵊泗县支部、普陀区支部、舟山医院支部、定海区支部、市中医院支部、市直属定海党小组、舟山卫校党小组、普陀市属党小组8个基层组织。2000年3月普陀区支部升格为总支部，下辖普陀区综合支部和区人民医院支部，后又相继成立了普陀区中医院支部（下属于普陀区总支）和市骨伤医院支部。嵊泗县、舟山医院和定海区支部委员会完成换届工作。

2001年9月7日至8日在舟山召开农工党舟山市第四次党员大会。赖承圭作题为《团结奋进，开拓创新，在新形势下争取更大的成绩》的工作报告，会议听取和审议该报告并选举产生了农工党舟山市第四届委员会，委员8人，赖承圭任主任委员，陈松菊、周汉任副主任委员，李虹、李翃斌、陈志义、詹亚园、虞亚菊为委员，周汉兼任秘书长。八位委员平均年龄45岁，均有大专以上学历，其中高级职称5人。李隆华同志为第四届市委会名誉主委，曾苏漉、周伟昌两同志为第四届市委会顾问。时有党员130人（男85人，女45人），中高级职称128人，占98.5%；大专学历以上82人，占63%；平均年龄52.5岁。40岁以下党员29名，占22.3%。界别分布：教育20人，科技3人，医卫85人，文化1人，经济13人，政府机关6人，党派1人，团体1人。市委会下辖嵊泗县支部、普陀区总支部、舟山医院支部、定海区支部、市中医院支部、市骨伤医院支部、市直属定海党小组、舟山卫校党小组8个基层组织，其中普陀区总支部下辖普陀区人民医院、普陀区中医院和普陀区综合3个支部。同年11月23日，舟山医院支委会换届，12月13日嵊泗县支委会换届。2002年3月25日建立浙江海洋学院支部。2002年4月6日建立舟山市第三人民医院（市妇保医院）支部，6月29日成立定海区总支部，下辖综合支部和市第三人民医院（市妇保医院）支部。同年2月19日在定海成立老党员活动小组。10月10日建立参政议政工作委员会。

截止2003年底，共有党员143人，其中女党员49人，占34.92%。中高级职称138人，占96.5%。大专学历以上95人，占66%。平均年龄53岁，40岁以下党员38人，占26.57%。界别分布：医卫88人，科技4人，教育22人，文化1人，经济16人，政府机关9人，群众团体2人，其他1人。市委会下辖定海区总支部（下辖综合支部、市第三人民医院支部）、普陀区总支部（下辖普陀区人民医院支部、普陀区中医院支部、普陀区综合支部）、浙江海洋学院支部、市直属综合支部、舟山市人民医院支部、舟山市中医院支部、舟山市骨伤医院支部和嵊泗县支部共8个基层组织。市委会机关有专职干部1名。

截止2006年底，全市共有党员157人。

现任主任委员：陈松菊，副主任委员：周汉、林鸣国，秘书长：周汉（兼）。