中国科学院青海湖联合科研基地主要从事青海湖地区候鸟迁徙行为的研究；青海湖及周边地区进行禽流感病毒的分子流行病学调查以及禽流感传播途径的研究；区域环境动态变化分析的研究（包括水域环境变化、植被环境变化、动物栖息环境变化、动物迁徙环境变化）；以地理、生态、水文、遥感、大气、计算等多学科交叉的流域尺度地表过程实验观测和模拟研究；发展高寒地区生态-水文过程理论及方法，从事青海湖演变与全球变化的关系的研究；青海湖以及环湖生态系统结构的研究，建立青海湖以及环湖保护区生态系统服务价值评价等科学问题；高寒陆地表层的地表过程、生态与水文相互关系、土壤与生物的作用机理的研究；资源多样性分布格局变化研究以及生态环境治理关系的研究等。