中国科学南京土壤研究所标本馆建立于1953年，是我国馆藏最丰富的集研究性收藏与科普性展出于一身的土壤标本馆之一。标本馆现有面积800多平方米，分土壤瓶标本库、土壤陈列标本及图片展览厅、土壤分类鉴比标本库和资料库。馆内有专职管理人员负责日常的标本接受、整理、接待借阅、分类维护等各项管理工作，有较为严格的管理制度保证标本的正常入库。馆内收藏有近60000件土壤标本，贮藏以瓶装分析标本及纸盒标本为主。作为分析备用及分类体系之间的参比研究，具有永久保存价值的标本，是我所具有独立知识产权的宝贵财富。我国地域辽阔、土壤类型繁多，土壤资源丰富。标本的采集遍布全国各地，从青藏高原到东海陆架，从北国山林到南海诸岛，近几年，又延伸到南极。馆内收藏有德国、俄罗斯、朝鲜、日本、荷兰等国和我国老、中、青土壤研究员采集研究的标本。 标本馆还专门设有对社会开放的土壤标本及景观图片展览室，展室被选为全国青少年走进科学世界科技活动示范基地，每年接待参观者近5000人次，为普及土壤科学知识，提高民族文化素质作出贡献。