中国科学院分子病毒学与分子免疫学重点实验室2011年2月25日揭牌，依托中国科学院上海巴斯德研究所，实验室面向国家公众健康与医药卫生的战略需求，瞄准重大传染性疾病和新生及突发性传染性疾病研究的国际前沿，围绕重要的医学病毒, 开展具有国家战略需求的病毒学与免疫学相结合的重大基础研究，产生原创性工作，为发展新型诊断技术及疫苗提供新策略和新思路，建立关键性核心技术平台，从而在我国的病毒诊断技术及疫苗学研究中发挥引领和支撑作用。
实验室主任：孙兵研究员，上海巴斯德研究所
学术委员会主任：曹雪涛教授, 中国工程院院士,第二军医大学
研究方向
本实验室聚焦病毒学及免疫学核心问题的基础研究和重大病毒性传染病的致病分子机制研究；不断强化应对大流行性病毒传染病的国家应急能力建设，着重于大流行性病毒传染病的检测、诊断和防治。
（1）病毒学的基础研究和了解病毒引起急性或慢性感染的分子机制（流感，SARS，肝炎等)；
（2）免疫学的基础研究，阐明病毒与宿主细胞之间的相互作用的分子机制；
（3）通过病毒学与免疫学交叉研究，为发展新型疫苗提供新策略和新思路。
承担项目
目前本实验室共承担各类研究任务49项，其中包括国家重大科技专项5项，科技部973项目3项，国家自然科学基金13项，上海市项目3项，主持国际合作项目10项，经费累计达9600余万元。
研究成果
目前本实验室已在国际著名期刊（如PNAS、Journal of Virology）上发表了20多篇高质量的研究论文，申请2项国际专利。