中尺度涡旋是指海洋中直径有100-300千米。寿命为2-10个月的涡旋。相比于常见的用肉眼可见的涡旋，中尺度涡旋直径更大、寿命更长；但相比一年四季都存在的海洋大环流有小很多，故称其为中尺度涡旋。

中尺度涡旋很像大气中的气旋和反气旋，故又称天气式海洋涡旋。

通常分为两种：气旋式涡旋（在北半球为逆时针旋转），其中心海水自下而上运动，使海面升高，将下层冷水带到上层较暖的水中，使涡旋内部的水温比周围海水低，又称冷涡旋。另一种是反气旋式涡旋（在北半球为顺时针旋转），其中心海水自上而下运动，使海面下降，携带上层的暖水进入下层冷水中，涡旋内部水温比周围水温高，又称暖涡旋。

中尺度涡旋在世界各大洋中都存在，大部分集中在北大西洋，尤以百慕大三角区为多。在太平洋的西北部从1957年至今，已经发现了近200个反气旋式涡旋。

中尺度涡旋的运动可分为自转、平移和垂直3种。

中尺度涡旋会改变流经海区原有的海水运动，使得海流的方向变化多端，流速增大数倍至数十倍，并伴随有强烈的水体垂直运动。旋涡中心势能最大，越远离中心，势能越小。

涡旋动能的最大值不在中心，而是在水体旋转线速度最大的区域。

中尺度涡旋对海洋海洋的水文物理性质有巨大的影响。