本所始建于1911年，1960年更名为浙江省农科院土壤肥料研究所，2002年院学科结构调整后改为现名。全所现有在职职工38人，其中研究员6人，副研究员7人，博士5人（其中一人在读），硕士11人(其中3人在读)，入选省“151”人才工程3人，下设农业生态、新型肥料、环境微生物、农业信息技术等研究室，建有国家水稻土肥力监测基地、环境资源重点实验室、新型肥料产业化中试基地、农化服务公司等，是“八五”全国农业科研开发综合实力“百强研究所”。在农业信息、农业生态、环境微生物、植物营养等学科设有博士后科研项目，，与浙江师范大学、浙江林学院联合设立硕士点，2007年起开始招收硕士研究生。

改革开放以来共承担国家级课题16项，部省重点及省基金项目80多项，国际合作项目11项。获部、省以上科研成果45项，其中部、省级科技进步一等奖7项，二、三等奖40项。新围海涂与红壤改良技术、测土诊断施肥技术、农业现代化园区信息化管理系统、规模养殖场畜禽粪便无害化处理及资源化利用技术、养分释放可调控型有机无机复混肥、生物有机肥、液态地膜等已在省内外大面积推广应用，创造了巨大的社会、经济效益。

在新的世纪里，全所将紧紧围绕发展效益农业这一主题，重点开展农业生态环境治理、农业信息技术利用、新型肥料研发、农业废弃物的无害化处理与资源化利用、农产品安全生产技术研究、草业开发等工作，为建设生态浙江做出新的贡献。