浙江理工大学自动化研究所的主要研究方向为：

（1）复杂系统建模与控制；（2）智能检测与控制；（3）工业过程与综合自动化。研究所与加拿大、新加坡等大学和研究机构建立了双边合作关系。

本所共承担了浙江省重点攻关、浙江省自然科学基金项目、人事部留学回国人员基金资助项目等纵向课题以及产学研横向项目35项，累计科研经费达560余万元；主持完成省级教改课题2项，课程建设2门，出版专著2部，编写教材3部，在国内外在国内外著名学术刊物上发表论文185篇，其中被SCI、EI收录56篇。