所谓的在编、非编的“编”，指的是“编制”。通常政府机构、大的企事业单位都有固定的人员编制，既就工作需要核定的人员数。但由于制度问题，很多单位在职能扩充、任务增大或者改变后，无法及时调整编制，有佣工需求，却没有制度内的人员编制，就会额外招收一些工作人员。通常，编制内的工作人员工资、保障以及福利待遇因为有编制，所以纳入财政，由政府或者相关机构负担。而编制外的雇佣人员，不论工作内容和岗位是否同于编制内人员，因为属于编制外，所以在工资、待遇以及保障福利方面没有财政预算内的保障，需要由用人单位自行负担，所以通常不如在编人员。

这是一种制度缺陷带来的差别。