2006年石林游客中心新建了世界一流的石林喀斯特博物馆。它汇集了石林精华，充分利用实物、图片、文字、画册、音像等形式把世界喀斯特和石林喀斯特的科学知识，向游客进行普及宣传，是科普教育重要的活动基地。2003年被评为"云南省科普教育示范基地"、2006年被评为"全国科普教育示范基地"。

石林喀斯特博物馆是以石林地貌景观为主。晚古生代这里为滨海--浅海环 境，沉积了上千米的石灰岩、白云岩，为形成本区石林地貌奠定了基础。经受后期地壳运动的抬升作用成为陆地，多期次遭受地下水、地表水沿岩石裂隙进行溶蚀， 最后形成了组合类型多样的石林地貌景观。最早一期石林形成于2亿5千多万年前的早二叠世晚期，而最新一期还正在形成。其间经历了玄武岩和湖泊碎屑沉积的覆 盖以及多次的抬升剥蚀。在独特的地质、气候、水文条件下，多期石林继承发展，相互叠置，层次分明。